Kubice, který se narodil 3. října 1953, není stigmatizován minulým režimem. K policii vstoupil až v roce 1989. Za totality se stýkal s disidenty a pohyboval se v evangelických kruzích. Měl dobré vztahy například s bývalým poslancem Unie Svobody Svatoplukem Karáskem.

Až do ledna roku 1994 působil jako ředitel Ochranné služby Policie ČR, která se stará o ochranu vysokých ústavních činitelů. Poté několik měsíců strávil jako vedoucí útvaru operativní dokumentace kriminální policie.

Zlom nastal 1. ledna roku 1995, kdy byl zpečetěn vznik útvaru pro odhalování organizovaného zločinu a Kubice se stal jeho šéfem. Jeho lidé se zpočátku zaměřili zejména na problematiku ruskojazyčných mafií. Kubice se stal nejdéle sloužícím důstojníkem na tak vysokém postu.

29. května roku 2006, těsně před volbami do Poslanecké sněmovny přišel Kubice se zprávou, která poukazovala na prorůstání organizovaného zločinu do politiky. Ta vešla ve známost jako tzv. Kubiceho zpráva.

Vyplývalo z ní, že se lidé z policejního prezidia, ministerstva vnitra a samotný tehdejší premiér Jiří Paroubek (ČSSD) snaží zmanipulovat vyšetřování vraždy podnikatele Františka Mrázka nebo kauzy Biolíh.

Do té doby takřka neviditelný muž, který se jen zřídka objevoval v médiích a poskytoval vyjádření, se stal jednou z hlavních postav politického dění. Paroubek se stylizoval do role jeho hlavního oponenta a kritika.

V roce 2008 se Kubice rozhodl po neshodách s ministrem vnitra Ivanem Langerem od policie odejít a založil soukromou firmu zabývající se bezpečnostním poradenstvím.

V dubnu 2011 bylo po nastalé vládní krizi rozhodnuto o tom, že Jan Kubice nahradí Radka Johna (VV) na postu ministra vnitra.