Marek Benda se narodil 10. Listopadu 1968 v Praze. Jeho otcem byl významný český disident Václav Benda. Ten spolu se synem a několika dalšími lidmi stál v roce 1990 u zrodu Křesťanské demokratické strany. Když se strana o šest let později sloučila s ODS, stal se i Benda členem občanských demokratů.

Od roku 1993 působí Benda ve Sněmovně (1993-1996 za KDS).  Výjimku tvořily roky 2002-2004, kdy neobhájil poslanecký mandát a pracoval v odboru vládní agendy Ministerstva informatiky.

Poslanec Benda byl tím, kdo v roce 2009 přednesl pozměňovací návrh, který začlenil do novely trestního řádu a trestního zákona zákaz zveřejňování policejních odposlechů. Normě se kvůli tomu začalo lidově přezdívat náhubkový zákon.

Od roku 2004 studoval Benda Právnickou fakultu Západočeské univerzity v Plzni, odkud si odnesl titul magistra.

Během takzvané kauzy plzeňských práv se spekulovalo, že by mohl přijít o titul JUDr. Benda se ovšem se hájil tím, že titul nezískal, neboť jej přes složení rigorózní zkoušky nepřevzal. Jeho rigorózní práce byla totožná s diplomovou prací a navíc nesplňovala předepsanou délku.