Národní bezpečnostní úřad pracuje v oblastech zaměřených na zabezpečení a práci s citlivými údaji. Rozhoduje o vydávání osvědčení a dokladů bezpečnostní způsobilosti a zabývá se ochranou utajovaných informací, případně povoluje poskytování takových dat.

Úřad vydává bezpečnostní prověrky osobám pracujícím s utajenými informacemi, například ve vysokých funkcích ve státní správě. Vydává osvědčení pro stupeň Důvěrné, Tajné a Přísně tajné. V čele úřadu stojí od roku 2006 Dušan Navrátil.

Mezi funkce NBÚ patří zajištění činnosti Národního střediska komunikační bezpečnosti, Národního střediska pro distribuci kryptografického materiálu, Národního střediska pro měření kompromitujícího elektromagnetického vyzařování a Národního střediska pro bezpečnost informačních systémů, které jsou jeho součástí.

Mimo to se stará o národní zabezpečovací systémy, vyvíjí a schvaluje šifrové algoritmy a vytváří politiku kryptografické ochrany, včetně výzkumu a vývoje národních kryptografických prostředků.