Strana byla založena 9. prosince 1989, téměř patnáct let ale fungovala bez vlivu na politiku či společnost. To se trochu změnilo v roce 2003 a výrazněji v roce 2005.

Do té doby měla strana kolem tisícovky členů, ve volbách buď kandidovala s jiným hnutím (v roce 1992 v rámci Liberálně-sociální unie), nekandidovala vůbec ( v roce 1996 nesložila volební kauci), nebo získala minimální podporu (1,12 procenta ve volbách v roce 1998 a 2,36 procenta ve volbách v roce 2002)

Martin Bursík a Ondřej Liška

FOTO: Petr Hloušek, Právo

Průzkumy s ní v těchto letech nepočítaly a vědělo o ní maximálně několik nadšenců. Za volby v roce 2002 ale strana, která do té doby sháněla s úsilím každou korunu, dostala příspěvek od státu za odevzdané hlasy 11 miliónů.

Peníze ale situaci nevyřešily. Z účtu zmizelo šest miliónů korun a policie účty strany zmrazila. Ukázalo se, že sumu převedl jeden z místopředsedů, který nesouhlasil s novou generací, která do strany přišla a hrozilo, že vedení převezme.

Stalo se tak těsně před sjezdem strany. Na něm se nakonec prosadili lidé z řad ekologických aktivistů spojených s hnutím Duha typu Jakuba Patočky nebo Jana Beránka, které podpořily i veřejně známé osobnosti. Beránek byl na sjezdu zvolen předsedou strany.

O rok později se strana stala členkou Evropské strany zelených.

Ani duo Beránek-Patočka nebylo tím, kdo stranu dovedl k hmatatelnému úspěchu - tedy poslaneckým či senátorským mandátům. Dvojice prosazovala politiku, která se hodně členům nezamlouvala. Byli prý příliš radikální, příliš levicoví a neveřili, že strana má sama ve volbách šanci. Beránek přesto vedení těsně obhájil v roce 2004.

 Bývalý předseda Strany zelených Jan Beránek (vlevo) a někdejší nejvýraznější osobnost strany Jakub Patočka

Foto: Novinky, Právo

Hned následující rok ale dali členové aktivistům sbohem a do čela si zvolili člověka se zkušenostmi z politiky - Martina Bursíka. Ten už předtím působil ve vládě Josefa Tošovského na postu ministra životního prostředí a ve volbě byl jediným kandidátem.

S Martinem Bursíkem v čele zaznamenal strany rychlý vzestup. O straně se začalo mluvit a ve volebních průzkumech dostala v únoru 2006 poprvé přes pět procent. Fakt, že by se dostala do Sněmovny přiváděl další potenciální voliče. Ke straně se začali přiklánět především mladí nerozhodnutí voliči.

Strana na sebe upozornila i těsně před volbami, kdy se její členka Kateřina Jacques účastnila prvomájové demonstrace a tvrdě proti ní zasáhl policista Tomáš Čermák.

Ačkoli někteří chování Jacques na demostraci kritizovali, jedno je jisté - stranu to zviditelnilo.

Soud osvobodil expolicistu, který zbil Kateřinu Jacques

V červnových volbách získala 6,29 procenta hlasů a šest poslanců a nejen to, po dlouhých domluvách se účastnila vlády Mirka Topolánka a dostala tři ministerská křesla.

Strana ale byla dál rozhádaná, část jí nesouhlasila s účastí ve vládě, v níž musela ustoupit z některých ze svých požadavků - ekologie nebyla prioritou ani dominantní ODS ani KDU-ČSL.

Tyto spory nakonec stranu rozložily. Levicověji se orientovalo křídlo, k němuž se připojila Dana Kuchtová a vehementně ho prosazoval mladíček Matěj Stropnický. K rebelům, kteří vystupovali především proti omezení pravomocí republikové rady, které chtělo prosadit vedení strany, se přidaly i poslankyně Olga Zubová a Věra Jakubková.

Bursíkovi vadilo, že rada je de facto druhým vedením strany a chtěl ji přetvořit na „širší“ vedení, tak jako to funguje u jiných stran.

Křídlo ale rebelovalo jen krátce. Na sjezdu strany v září 2008 byl s velkou převahou předsedou opět zvolen Bursík a opozice proti němu byla vytlačena z vedení strany i z kritizované republikové rady.

Rebelové založili frakci s názvem Demokratická výzva a vystupovali proti straně. Ve Sněmovně zelení nehlasovali jednotně a zásadní je fakt, že Zubová s Jakubkovou pomohly k pádu Topolánkovy vlády, v níž zelení byli.

V září 2009 byly ze strany vyloučeny.

Zelené rebelky Olga Zubová (vlevo) a Věra Jakubková s předsedou strany Martinem Bursíkem

FOTO: Právo

Otřesy nepřežil ani sám Bursík, po neúspěšných volbách do Evropského parlamentu v červnu 2009 rezignoval. Stranu dočasně vedl tehdejší ministr školství v demisi Ondřej Liška. V prosinci 2009 byl na sjezdu ve funkci řádně potvrzen. Proti němu se pokoušel kandidovat Stropnický, ale neuspěl. Zelení tak stále drží linku, se kterou v roce 2005 Bursík přišel.

Šance zelených posílit, či si alespoň udržet zisk z voleb 2006 se ale rozplynuly. Lidé, kteří si od nich slibovali změnu, se odvrátili jinam. Zelení ve volbách do Sněmovny v roce 2010 získali 2,44 procenta hlasů. Ondřej Liška i další členové vedení dali mandáty k dispozici. Na listopadovém sjezdu strany se ale o funkci znovu ucházel a byl opět zvolen předsedou.