Právo prezidenta udělit amnestii vyplývá z článku 63 Ústavy ČR. Ten mimo jiné uvádí, že je k nabytí platnosti rozhodnutí o amnestii zapotřebí kontrasignace předsedy vlády nebo jím pověřené osoby. Tím na sebe premiér potažmo vláda bere odpovědnost za vyhlášení amnestie.

Amnestie se často mylně zaměňuje za milost. Zatímco milost se však týká jednotlivých případů, amnestie pokrývá vždy určitou množinu prominutých trestů či se vztahuje na určitou skupinu lidí. Může být omezena například výší trestu, případně být spojena s dalšími podmínkami. U amnestie také prezident z podstaty věci nezkoumá jednotlivé případy, na které dopadne.

Udílení amnestie bylo v Československu poměrně běžné. Do roku 1990 proběhlo několik desítek amnestií. Za éry Václava Havla a Václava Klause byly vyhlášeny celkem čtyři amnestie. Po vyhlášení amnestie Václavem Klausem v roce 2013 uvedl jeho nástupce Miloš Zeman, že se k podobnému kroku uchylovat nehodlá.

Nejrozsáhlejší amnestii vyhlásil Havel

První amnestií v postkomunistické éře byla amnestie Václava Havla, kterou vyhlásil v prosinci roku 1989 jako jeden z prvních kroků, jež v roli nově zvoleného prezidenta tehdejšího Československa učinil. Jedná se zatím o nejrozsáhlejší amnestii v historii poválečného Československa a České republiky, při které bylo propuštěno 23 tisíc vězňů z celkového počtu 31 tisíc. Havel si za to také později vysloužil velkou kritiku, když se po amnestii skokově zvýšila kriminalita.

Další amnestii vyhlásil Havel v roce 1993 u příležitosti svého prvního zvolení prezidentem samostatné České republiky. Oproti první amnestii byla značně omezená, týkala se v první řadě nedbalostních trestných činů s horní hranicí trestní sazby nepřekračující tři roky, a na svobodu se tak dostalo jen asi 130 lidí z celkem 14 tisíc vězněných.

O pět let později vyhlásil Havel amnestii naposled, a to u příležitosti jeho druhého znovuzvolení. Amnestie se vztáhla na osoby, které byly poprvé trestně stíhány nebo byly poprvé odsouzeny za méně závažné trestné činy. Na svobodu se tak dostalo kolem 930 z celkem 22 tisíc vězňů.

Klaus omilostnil přes šest tisíc lidí

Mnoho lidí si krátce před svým odchodem z funkce prezidenta popudil Václav Klaus, když v první den roku 2013 vyhlásil při novoročním projevu amnestii u příležitosti dvacátého výročí vzniku České republiky. Amnestii vztáhnul mimo jiné na nepodmíněné tresty vězení do jednoho roku. Zastavena byla také stíhání starší osmi let.

Z vězení odešlo po Klausově amnestii přes šest tisíc lidí. Velká část veřejnosti za to Klause tvrdě zkritizovala. Částečně proto, že řada amnestovaných vězňů se po propuštění vrátila k trestné činnosti. Hlavně však proto, že jeho pardon se týkal velkých hospodářských kauz, řečeno lidově tunelů. Škody při nich šly do miliard korun.

Klaus tímto způsobem oživil téma amnestie těsně před prezidentskými volbami, které se konaly v lednu 2013, a právě otázka možného rozhodnutí o amnestii se stala klíčovým tématem kampaní jednotlivých kandidátů. Zvolený prezident Miloš Zeman se k amnestii postavil odmítavě.