"Hlavním předmětem činnosti je vyhledávat, odhalovat a vyšetřovat skutečnosti nasvědčující tomu, že byl spáchán trestný čin, jehož pachatelem je příslušník Policie České republiky, celník, příslušník vězeňské služby, příslušník inspekce anebo zaměstnanci těchto útvarů," stojí na webu inspekce.

Inspekce se zabývá veškerou kriminální činností, která se týká příslušníků a zaměstnanců policie. U zaměstnanců celní správy a vězeňské služby šetří pouze činy spáchané v souvislosti s plněním pracovních úkolů. Pokud vede vyšetřování k samotným příslušníkům GIBS, provádí jeho počáteční fázi, která předchází zahájení trestního stíhání, vnitřní oddělení inspekce. Poté předá případ státnímu zástupci, který vede vyšetřování od zahájení trestního stíhání.

GIBS jako samostatnému ozbrojenému bezpečnostnímu sboru šéfuje její ředitel, kterého jmenuje a odvolává na návrh vlády premiér republiky. Úkoly inspekce stanovuje zákon o Generální inspekci bezpečnostních sborů č. 341/2011Sb.

O zřízení GIBS rozhodla vláda Petra Nečase v roce 2011. Vznikla následujícího roku a do jejího čela byl jmenován Ivan Bílek. Bílek odstoupil v prosinci 2015 po vypuknutí olomoucké korupční kauzy Vidkun, která se týkala podezřelých vazeb mezi podnikateli, policisty a politiky.

Ve funkci ho nahradil Michal Murín, který však v dubnu 2018 z funkce odstoupil. Již v únoru Murín oznámil, že na něj tlačí premiér v demisi Andrej Babiš (ANO), aby z funkce odešel. Podle Babiše ztratil Murín jeho důvěru a považuje ho za bezpečnostní riziko a ohrožení demokracie. V polovině dubna Murín z dlouhodobého stresu skončil v nemocnici a 17. dubna 2018 rezignoval s tím, že tak činí proto, aby předešel útokům na GIBS.