Narodil se 4. července roku 1948 ve Svitavách. Vzdělání se mu dostalo na Filozofické fakultě University Jana Evangelisty Purkyně v Brně (dnešní Masarykova Univerzita), na níž mezi lety 1966 až 1972 vystudoval český jazyk a dějepis. V období let 1978 až 1980 na téže škole absolvoval postgraduální studium muzeologie.

Od sedmdesátých let 20. století působil v mnoha muzeích, přičemž následně mezi lety 1984 až 1990 působil jako ředitel Historického muzea ve Slavkově u Brna a v následujících dvou letech jako ředitel Moravského zemského muzea v Brně.

Počínaje rokem 1994 začal pracovat jako vedoucí vědecký pracovník brněnského pracoviště Ústavu pro soudobé dějiny Akademie věd České republiky.

Pedagogická činnost
Výuka na Filozofické fakultě Masarykovy univerzity v Brně v r. 1996 – 2010
Výuka na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně v r. 1999 – 2008
Výuka na Filozofické fakultě Univerzity Karlovy v Praze v r. 2003 – 2004

V roce 2008 se na Filozoficko-přírodovědecké fakultě Slezské univerzity v Opavě stal docentem pro obor Historie se zaměřením na československé dějiny.

Politická kariéra

V roce 1996 neúspěšně kandidoval jako člen Občanské demokratické aliance (ODA) do Senátu v obvodu č. 58 - Brno - město. V současnosti je členem politické strany Moravané, za níž kandidoval v krajských volbách v roce 2008 a v evropských volbách v roce 2009.

Do Evropského parlamentu za zmíněnou stranu kandidoval také v roce 2014, avšak neuspěl.

V roce 2016 kandidoval v senátních volbách za koalici stran ODS a Moravané v obvodu č. 58 - Brno - město, ale neuspěl.

Kontroverze

V osmdesátých letech 20. století napsal knihu o dějinách Slavkova, která obsahuje část velebící úlohu komunistů během února roku 1948 a po něm. Své autorství kapitoly věnující se úloze komunistů Pernes popírá a tvrdí, že jejím autorem je někdo jiný, pravděpodobně regionální výbor Komunistické strany Československa (KSČ).

Po svém zvolení ředitelem ÚSTR čelil kritice, že ve svém životopisu pro výběrové řízení neuvedl informaci týkající se svého ročního studia na Večerní univerzitě marxismu a leninismu (VUML). Sám Pernes tvrdí, že tuto informaci nepovažoval za důležitou. Po jeho zvolení ředitelem ÚSTR byla rovněž zveřejněna informace, že byl veden jako kandidát tajné spolupráce Státní bezpečnosti (STB).

Ve dvou případech byl rovněž obviněn z plagiátorství. První případ se týkal jeho knihy Svět Lidových novin 1893-1993, v jejímž rámci opsal celé odstavce z diplomové práce Blanky Maškové Arnošt Heinrich a Lidové noviny. Druhý se týkal jeho knihy Emanuel Moravec: až na dno zrady, kde využil diplomovou práci Josefa Vytlačila. V tomto případě však Komise pro etiku vědecké práce Akademie věd České republiky konstatovala, že zmíněnou knihu jako celek nelze považovat za plagiát.

Vybraná díla
Spiklenci proti Jeho Veličenstvu aneb Historie tzv. spiknutí Omladiny v Čechách, Praha 1988
Život plný nepřátel aneb Život a smrt Františka Ferdinanda d'Este, Praha 1995
Habsburkové bez trůnu, Praha 1995
Pod moravskou orlicí aneb Dějiny moravanství, Brno 1996
Maxmilián I. Mexický císař z rodu Habsburků, Praha 1997
Až na dno zrady. Emanuel Moravec, Praha 1997
Takoví nám vládli. Komunističtí prezidenti Československa a doba, v níž žili, Praha 2003
František Josef I. Nikdy nekorunovaný český král, Praha 2005
Komunistky. S fanatismem v srdci, Praha 2006
Krize komunistického režimu v Československu v 50. letech 20. století, Brno 2008