Niedermayer se narodil 13. března 1966 v Brně. Vystudoval teoretickou kybernetiku, matematickou informatiku a teorii systémů na přírodovědecké fakultě Univerzity Jana Evangelisty Purkyně v Brně.

Roku 1991 začal pracovat pro Státní banku československou (nyní ČNB). Václav Havel jej roku 1996 jmenoval členem bankovní rady ČNB, stal se jejím nejmladším členem.

V rozmezí let 2000 - 2008 byl viceguvernérem ČNB.

Po skončení druhého funkčního období odešel do privátního sektoru, pracoval v konzultantské firmě Deloitte.

Rok 2014 znamenal pro Niedermayera kandidaturu ve volbách do Evropského parlamentu. Stal se lídrem TOP 09 a STAN. Během kampaně označil Václava Klause a jeho deset let prezidentování za hlavního viníka toho, že Češi mají k Evropské unii rezervovaný postoj. Pohádky o zlém Bruselu otravují atmosféru, řekl.

Strana skončila těsně na druhém místě s obdrženými 15,95 procenta hlasů. Niedermayer se stal europoslancem a ne úplným outsiderem coby kandidát na post eurokomisaře.

Je členem správní rady pražské Open Society Fund, součásti americké nadace George Sorose, která se zasazuje o rozvoj demokracie.

Niedermayer je podruhé ženatý, má tři děti.