Narodil se 21. ledna 1972 v Olomouci, kde také vystudoval základní školu, odmaturoval na Slovanském gymnáziu a poté nastoupil na Filosofickou fakultu Univerzity Karlovy, kterou ale nedokončil - odešel v pátém ročníku.

Na město Olomouc nedá dopustit. Říká o něm, že „je akorát velké, aby si zachovalo příjemné lidské dimenze a zároveň žilo plnohodnotným duchovním, kulturním i společenským životem”. V roce 2003 byl poprvé zvolen do jeho zastupitelstva. Do roku 2006 zastával funkci náměstka primátora a tentýž rok byl primátorem sám zvolen. Pro následující funkční období se mu povedlo post obhájit.

Martin Novotný je členem Občanské demokratické strany od roku 1995. Ve volbách do Poslanecké sněmovny v roce 2013 vedl kandidátku ODS v Olomouckém kraji a byl zvolen poslancem. Z důvodu souběhu funkcí pak 1. března 2014 rezignoval na pozici primátora. Místopředsedou strany ODS byl zvolen ve třetím kole druhé volby na kongresu ODS 19. ledna 2014.

Martin Novotný je rozvedený. Se svojí bývalou manželkou má dceru.