Balabán absolvoval Vojenskou akademii, v armádě sloužil v letech 1983 až 2001 a dosáhl na hodnost plukovníka.  V polovině 90. let působil na ministerstvu obrany v tiskovém oddělení.

Na starosti měl komunikaci s bezpečnostní komunitou a nevládními organizacemi. Podílel se na uskutečnění komunikační strategie ministerstva ke vstupu České republiky do NATO. 

Akademická dráha

V roce 2000 zakončil doktorandské studium na Institutu mezinárodních studií FSV UK v Praze se specializací na problematiku ruské armády a ruské bezpečnostní politiky. Jeho disertační práce měla název Vojenské, politické a ekonomické aspekty postavení ruské armády v ruské společnosti v 90. letech.

Po odchodu z armády do zálohy působil dva roky na zahraničním oddělení ČSSD, kde se věnoval problematice EU, bezpečnostní politice a zemím východní Evropy.

Od roku 2005 vede Středisko bezpečnostní politiky Centra pro sociální a ekonomické strategie FSV UK Praha.

Angažmá v politice odmítl

Jméno Miloše Balabána se v lednu 2014 skloňovalo v souvislosti  s obsazením křesla jednoho z náměstků ministra obrany Martina Stropnického (ANO). Proti jeho nominaci nic nenamítal ani ministr Stropnický, ani šéf Hnutí ANO Andrej Babiš.

Balabán ale nabídku odmítl kvůli své akademické dráze. Náměstkovský post nakonec obsadil Jakub Kulhánek, bývalý poradce předsedy Poslanecké sněmovny Jana Hamáčka (ČSSD).

Shoda ve jména bezpečnostního analytika Miloše Balabána a velitele legendární protinacistické odbojové skupiny Tři králové, generála Josefa Balabána,  který připravil se svými druhy atentát na druhého muže nacistického Německa, hlavu vojsk SS Heinricha Himmlera, není náhodná. Miloš Balabán je prasynovcem slavného odbojáře.