Založena byla v roce 1991 odpadlíky z další separatistické skupiny Fronty národního osvobození Morů (MNLF) a studentem teologie Abdurajakem Abubakarem Janjalanim, který byl zabit v prosinci 1998 v přestřelce s policií. Filipínským silám se později podařilo zabít i další vůdce organizace.

Počet bojovníků skupiny se odhaduje na několik set.

Skupina Abu Sayyafa je obviňována z celé řady únosů za výkupné a také z pumových útoků a vražd, jimiž terorizuje Filipíny více než dvě desetiletí. Výkupné v minulosti často dostávala, díky čemuž se pak lépe vyzbrojovala.

K nejvýznamnějším muslimským skupinám na Filipínách patřila kromě Abu Sayyafa a MNFL také Fronta islámského osvobození Morů (MILF), která v roce 2014 podepsala s vládou mírovou dohodu.

Výběr nejtragičtějších útoků a vražd
Červen 1994 - Extremisté ze Skupiny Abu Sayyafa při přepadu konvoje vozidel na ostrově Basilan na jihu Filipín zajali 74 lidí a 15 z nich zastřelili. Po zaplacení výkupného většinu z nich propustili.
Duben 2000 - Ozbrojenci skupiny unesli na malajsijském ostrově Sipadan ze střediska vodního potápění 21 osob včetně deseti západních turistů. Po operaci armády a vyplacení výkupného byli nakonec všichni propuštěni.
Květen 2001 - Povstalci skupiny unesli z letoviska Dos Palmas na ostrůvku Arriceffi tři Američany, 13 filipínských turistů čínského původu a čtyři zaměstnance hotelu. Prezidentka Gloria Macapagalová-Arroyová dala armádě rozkaz zaútočit na povstalce, kteří jednoho Američana, Guillerma Sobera z Kalifornie, a další dva rukojmí popravili. Američané vypsali na dopadení vůdce skupiny odměnu pěti miliónů dolarů. V roce 2007 bylo 14 pachatelů útoku odsouzeno k doživotí.
Červen 2002 - Při osvobozovací operaci filipínské armády byl zabit americký misionář Martin Burnham, spolu s ním zahynula i filipínská zdravotní sestra. Burnhamova žena Gracia utrpěla zranění.
Březen 2003 - Výbuch bomby na letišti města Davao na ostrově Mindanao na jihu země usmrtil 21 osob (včetně jednoho Američana) a přes 150 zranil. K odpovědnosti se přihlásila Skupina Abu Sayyafa.
Únor 2004 - Extremisté z Abu Sayyafa zaútočili na trajekt v manilské zátoce a zabili více 116 lidí (nejhorší teroristický útok ve filipínských dějinách a nejhorší teroristický útok na moři).
Duben 2016 - Islamisté z Abu Sayyafa zabili kanadského rukojmího poté, co za něj nedostali požadované mnohamilionové výkupné. Obětí byl 68letý John Ridsdel, kterého extremisté unesli v září 2015 v jednom z letovisek na jihu země společně s dalším Kanaďanem, Norem a Filipínkou. V červnu 2016 popravili dalšího Kanaďana, Filipínku, která byla jeho přítelkyní, i Nora propustili. Podle nepotvrzených zpráv bylo za Nora zaplaceno vysoké výkupné.
Únor 2017 - Skupina Abu Sayyafa zveřejnila video, na němž je nejspíš vidět vražda sedmdesátiletého německého rukojmího. Muže unesla loni v listopadu, když se plavil kolem jednoho z ostrovů na jihozápadě Filipín. Jeho devětapadesátiletá partnerka přišla o život už při únosu. Německé úřady zatím úmrtí muže oficiálně nepotvrdily.