Kubata se narodil 19. března 1962 v Mexiku. V Praze vystudoval obor ekonomika a řízení průmyslu na Vysoké škole ekonomické

Pracoval v polygrafickém průmyslu a následně zastával řadu manažerských postů v několika elektronických médiích. Byl například generálním ředitelem radia Alfa. Později se pohyboval v bankovnictví, konkrétně jako marketingový ředitel Citibank a České spořitelny.

Od roku 2009 je členem TOP 09, kde vykonával funkci generálního sekretáře.Tím byl do května 2010, kdy byl zvolen poslancem ze třetího místa pražské kandidátky. Na postu poslance se udržel do roku 2013. Od června 2010 je členem předsednictva strany.

Byl místopředsedou a ověřovatelem volebního výboru a členem zahraničního výboru. Rovněž zasedal ve Stálé delegaci do Meziparlamentní unie a Stálé komisi pro kontrolu činnosti Vojenského zpravodajství.

Václav Kubata je ženatý a má dvě děti.