Před studiem lékařské fakulty navštěvoval gymnázium Otakara Březiny v Telči. Nejprve chtěl studovat matematiku, nicméně se později rozhodl pro medicínu. Promoval v roce  1995 na fakultě Masarykovy univerzity v Brně.

První nemocnice, kde sloužil jako vystudovaný lékař, byla Nemocnice Milosrdných bratří v Brně. Dále postupoval přes Nemocnici v Jihlavě a od roku 2000 pracuje v havlíčkobrodské nemocnici. Mezi roky 2006 až 2011 jí vedl jako ředitel. Na post nastoupil po odhalení kauzy heparinového vraha Petra Zelenky. V současnosti studuje na titul MBA.

Je ženatý, manželka Magdalena je zdravotní laborantka. Mají čtyři děti. Ve volném čase se Vít Kaňkovský rád věnuje zpěvu, aktivně působí v hudebním tělese Pozdní sběr, které je složené ze zdravotníků havlíčkobrodské nemocnice. Rád lyžuje a hraje tenis.