Na ministerstvo financí přivedl Šnábla Jiří Rusnok, který se stal šéfem resortu v roce 2001. Svého poradce si pak s sebou vzal i na ministerstvo průmyslu a obchodu, Šnábl se však poté do resortu financí opět vrátil jako externista a v roce 2006 se tam stal řádným pracovníkem. Na ministerstvu tak působil během éry Vlastimila Tlustého, Miroslava Kalouska, Eduarda Janoty a poté opět Miroslava Kalouska.

Krajský soud mu v roce 2008 vyměřil dvouletou podmínku a pokutu ve výši 300 tisíc korun za krácení daní. V roce 1999 totiž podle soudu společně s dvěma dalšími podnikateli zinscenoval fiktivní vývoz několika stovek hracích automatů do Arménie, za které si následně nechali vrátit daň ve výši 5,5 miliónu korun. Šnáblovi nepomohlo ani opakované odvolávání.

Nejasnosti s majetkem

Když rozsudek krajského soudu v dubnu 2009 potvrdil Vrchní soud v Praze, nabídl Šnábl Miroslavu Kalouskovi svou rezignaci. Šéf resortu ji však odmítl s tím, že je Šnábl pro ministerstvo nepostradatelný a svou prací v oblasti státních arbitráží ušetřil státu miliardy. Kalouskův nástupce Eduard Janota sice v srpnu téhož roku Šnáblovu rezignaci na post ředitele mezinárodněprávního odboru, kde stanul v roce 2007, přijal, nadále si jej však ponechal jako svého poradce. A v tomto postu setrval odsouzený podnikatel i po návratu Miroslava Kalouska do čela resortu.

Právě Miroslav Kalousek se Šnábla opakovaně zastával. Šnábl byl v oblasti arbitráží poměrně úspěšný, na druhou stranu jeho kritici poukazují na nejednoznačnost některých kauz. Například ve sporu s Nomurou mu mnozí předhazují možnou korupci a upozorňují přitom na nejasnosti v jeho vysokých majetkových poměrech.

Podle zjištění České televize z května 2011 patří Šnábl k nejbohatším státním úředníkům v Čechách. Ve svých čtyřiceti letech prý dokázal vydělat kolem padesáti miliónů korun. Přitom za posledních sedm let si na ministerstvu údajně mohl vydělat maximálně pět miliónů korun hrubého.

Na Radka Šnábla s Miroslava Kalouska podal v roce 2011 trestní oznámení místopředseda Věcí veřejných Tomáš Jarolím kvůli domnělému zneužití pravomocí při vymazání zástavních práv k nemovitostem opavské firmy Ostroj.